Perioada medievală a Sibiului s-a caracterizeazat, din punct de vedere economic, printr-o permanentă dezvoltare care a avut în prim plan ascensiunea breslelor. În secolul al XIV-lea aceste bresle erau deja extrem de bine organizate (de exemplu cea a cizmarilor avea în componenţă şi meşteri din Ţara Românească şi Moldova) . Produsele breslelor sibiene se vindeau în toată Transilvania precum şi pe pieţele unor oraşe din Ungaria. 
Asociaţiile meşteşugăreşti şi negustoreşti sibiene au obţinut o serie de drepturi şi privilegii care au determinat o înflorire fără seamăn a vieţii oraşului; şi domnitorii Moldovei şi Ţării Româneşti au acordat sibienilor anumite facilităţi (în secolul al XIV-lea, sibienii deţineau un fel de monopol asupra comerţului cu Ţara Românească) .

După ce a primit statutul de oraş, Sibiul a fost condus de un Sfat orăşenesc care, pentru întreg Evul Mediu a purtat denumirea de Magistrat. Iniţial, Magistratul era condus de un jude (regal) alături de 12 juraţi care se alegeau anual din rândul membrilor comunităţii locale. După mijlocul secolului al XIV-lea apare şi funcţia de primar, ales de cetăţenii urbei din rândul personalităţilor locale mai importante. Din punct de vedere politic, Sibiul a avut o istorie deosebit de frământată, până când în Transilvania s-a consolidat stăpânirea habsburgică. După ce armata maghiară a suferit dezastrul de la Mohacs, iar regele însuşi a căzut în luptă, pentru tronul Ungariei s-a declanşat un aprig conflict, urmat de un război civil, între Ioan Zapolya, voievodul Transilvaniei, sprijinit de turci şi Ferdinand de Habsburg. Sibiul s-a alăturat taberei conduse de Ferdinand de Habsburg, suferind un lung asediu din partea oştilor adverse, cărora li s-a alăturat armata nou-alesului voievod al Transilvaniei, Ştefan Mailat. 
În această perioadă, oraşul a avut de înfruntat o serie de greutăţi, care au determinat închinarea în faţa lui Zapolya. După constituirea Marelui Principat al Transilvaniei, lupta dintre cele două puteri a continuat, fiind vizibilă şi în interiorul Sibiului, unde s-au constituit, de asemenea, două tabere. Cea filohabsburgică, mai numeroasă şi mai puternică, avea în frunte doi reprezentanţi de marcă ai saşilor: Marcus Pempfflinger şi Petrus Haller. 
Cele două grupări au alternat la conducerea cetăţii, în funcţie de conjunctura politică a momentului. La sfârşitul secolului al XVI-lea, stabilitatea oraşului a fost reinstaurată, asta şi datorită remarcabilelor calităţi ale juzilor regali Augustin Hedwig şi Albert Huet.

Un moment extrem de greu pentru istoria Sibiului l-a constituit domnia principelui Gabriel Bathory. Acesta a reuşit, printr-un şiretlic să intre cu armata sa în cetate. Magistratul oraşului a fost arestat, locuitorii alungaţi iar oraşul prădat. Radu Şerban, domnul Ţării Româneşti, sprijinit de turci intervine în sprijinul sibienilor şi îl înfrânge pe Bathory în Ţara Bârsei. Acesta se retrage din oraşul, care este asediat, fără succes de domnitorul muntean. Situaţia respectivă avea să mai dureze încă doi ani, până când, sub presiunea unei oşti turceşti căreia i s-a alăturat domnii Moldovei (Ştefan Tomşa) şi al Ţării Româneşti (Radu Mihnea) Bathory părăseşte Sibiul. Lua astfel sfârşit poate cea mai neagră pagină din istoria Sibiului.